将芯片与待研究的cDNA或其他样品杂交，经过计算机扫描和数据处理，便可以观察到成千上万个基因在不同组织或同-组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。荧光标记的cDNA与芯片上相匹配的DNA序列发生杂交反应，是的芯片上的点呈现出荧光信号，北京功能涂层芯片，荧光信号的强度和基因表达的多度呈正相关。基因芯片这种微型化装置具有巨大的容量，是科学家在单次试验中就可以分析整个基因组的变化。
2.生物学意义分析
主要指通过分析芯片杂交数据，研究差异表达基因的生物学意义。通常，功能涂层芯片的处理方法，在芯片中某一或发育时期可能有成千上万个差异表达基因。例如，基因芯片分析植物根部可能有400多个特意表达的基因，如果要将这些基因的来龙去脉都搞清楚，可能要追溯超过4000篇以上的文献(假设1个基因需要查阅10篇文献)。这种不捡重点的方法耗时耗力，什么是功能涂层芯片，所获得的结果也往往没有意义。
微阵列生物芯片是在硅片、玻璃、凝胶或尼龙膜等基体上，通过机器人自动打印或应用光引导化学合成技术固定的生物分子微阵列及其基体的总和。生物芯片根据分子间特异性相互作用的原理，将生命科学领域中不连续的分析过程集成于芯片表面，构造微流体生物化学分析系统，以实现对DNA、细胞、蛋白质和其他生物组分的准确、快速、大信息量的检测。
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