一是降低水处理要求，如果水中的隐孢子虫较多，则需要多处理，以达到降低的目的；二是保护公众，因为隐孢子虫可以威胁你的生命。另外，从公众的压力来看，所有消费者都希望饮水安全。在疾病爆发后，饮用水两虫检测系统，成本极高，如影响游客，关闭公共服务，饮用水两虫检测设备，要求煮饮，对供水公司和基础研究的目的有潜在的法律影响。
为确保饮用水安全，实施高质量供水，国家建设部在2005年6月1日正式实施的《城市供水水质标准》（CJ/T206-2005）中，增加了一鞭毛虫和隐孢子虫的微生物指标。
为什么要这样做“两虫”检测：
首先，便于协调调整水处理方案，水中的两种昆虫越多，就需要进行更多的水中的含量。
第二，保护公众，因为两种昆虫会影响饮酒者的健康，治的费用远高于预防费用；
目前，世界上常用的双虫标准检测方法是美国环境保护总局(USEPA)1999年2月发布的1623种方法，可以同时检测隐孢子虫和贾第鞭毛虫。2005年6月1日，国家建设部正式实施好供水，确保饮用水安全CJ/T贾第鞭毛虫和隐孢子虫的微生物指标添加到206-2005年的城市供水水质标准中，饮用水两虫检测装置，要求限值1/10升水。
两虫检测的可靠性、稳定性、安全性、持久性 1. 过滤步骤回2. 淘洗步骤回收率 ≥80％ 3. IMS分离步骤回收率 ≥90%4. 总回收率（过滤、淘洗、磁珠分离、染色）≥ 50％5. 检测结果相对标准差 ≤ 20 ％6. 镜检率：贾第鞭毛虫孢囊100%检出，江苏饮用水两虫检测，隐孢子虫卵囊100%检出7. 检测可处理高浊度水样：可达100（NTU）8. 提供预制的阳性对照玻片：该预制的载玻片供随时反复多次使用，无需现场制片，保证了操作人员的安全
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