全自动控制这是属于无人操纵的形式，操纵盘装在起重机外，用按钮或穿孔卡等为指令。因此，堆垛机控制系统，只要按下启动电钮，就能遥控堆垛起重机自动进行进出库动作。近来也有采用磁心存贮器等存贮装置来存贮各货位号的库存量或品种，仓储堆垛机控制系统，进行在库管理的方式。四、计算机控制设置与电子计算机直联的地面控制盘，把进出库指令输入电子计算机，进行集中控制。
一般堆垛机包含行走、升降、货叉三个轴的控制，外加激光测距、条码定位、值编码器等定位来实现堆垛机的运行。
堆垛机控制系统主要包括堆垛机的设计、研发、安装调试。
涵盖机型包括单立柱、双立柱、单工位、双工位、单伸、双伸、直道、弯道、换轨堆垛机等。
堆垛机控制系统以西门子PLC为主要控制器，兼容S7 1200系列以及1500系列CPU。支持变频器和伺服的控制方式，常用的驱动器为西门子、丹佛斯、SEW、施耐德等品牌。
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