依照原材料笼统分类：动物性蛋白胨、植物性蛋白胨、生物性蛋白胨等三大类。
依照原料细化分类就比较精细了：在其中可分成大豆蛋白胨、牛肉蛋白胨、牛骨蛋白胨、鱼蛋白胨、猪皮蛋白胨等，任何的一种原料都可以成为一种蛋白胨的分类。
依照用途笼统分类：包含级蛋白胨、食品级蛋白胨、饲料级蛋白胨、工业级蛋白胨等，韶关蛋白胨培养基，这是依照用途的大致分类。
依照用途细化分类：缓冲葡萄糖蛋白胨、某细菌培养蛋白胨、食品蛋白胨、叶面肥蛋白胨、涂料蛋白胨及其电镀用蛋白胨等，依照这种分类，蛋白胨可分成不下百种。
蛋白胨
在培养基中，蛋白胨的作用是为细菌生长提供氮源。蛋白胨，是有机化合物。蛋白胨是将肉、酪素或明胶用酸或蛋白酶水解后干燥而成的外观呈淡黄色的，具有肉香的特殊气息。蛋白质经酸、碱或蛋白酶分解后也可形成蛋白胨。在胃内蛋白质的初步消化产物之一就是蛋白胨。蛋白胨是以新鲜的海产鲜鱼和新鲜牛骨中的蛋白质作为原料，通过中度酶解提纯加工后喷雾而成。富含微生物生长发酵及动物生长发育所需要的多肽、二肽、单肽及各种氨基酸成分，作为食品和饲料中优良的天然蛋白质补充剂。蛋白胨是一种外观呈淡黄色的，具有肉香的特殊气息。
微生物的生长是需要各种营养素的，蛋白胨培养基胰蛋白胨，像碳源、氮源、维生素、生长因子等等，蛋白胨培养基牛骨蛋白胨，而蛋白胨，顾名思义，蛋白，就是为各种微生物的生长提供氮源和维生素的。用于蛋白胨生产的蛋白包括动物蛋白(酪蛋白、肉类)和植物蛋白(豆类)两种。蛋白胨当中不仅含有丰富的氨基酸，特别是含硫氨基酸较多，而且含有更多的细菌生长需要的维生素和其它生长因子。是生物制药发酵及各种培养基制备的基础原材料。在培养基当中它起的主要作用是提供氮源。
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