全站仪补偿器的补偿功能提供了3种选择模式，即[双轴]、[单轴]、[关]。选择[关]即补偿功能不起作用；选择[单轴]只对垂直度盘读数进行补偿；选择[双轴]是对水平和垂直度盘读数均进行补偿。
单轴补偿只能对垂直度盘读数进行改正，没有改正水平度盘读数的功能。当照准部水平方向固定，上下转动望远镜时水平角度读数不会变化。
微处理机（CPU）是全站仪的核l心部件，主要有寄存器系列（缓冲寄存器、数据寄存器、指令寄存器）、运算器和控制器组成。微处理机的主要功能是根据键盘指令启动仪器进行测量工作，执行测量过程中的检核和数据传输、处理、显示、储存等工作，保证整个光电测量工作有条不紊地进行。输入输出设备是与外部设备连接的装置（接口），输入输出设备使全站仪能与磁卡和微机等设备交互通讯、传输数据。
全站仪的补偿范围一般为±3′左右，整平度超过此范围、天顶距接近天顶和底2°范围内，电子补偿器的改正功能不起作用。当测站点有振动、风大、低精度观测时，应关闭仪器的补偿功能。这样既可以节电又可以避免误补偿。
在使用全站仪时，全站仪价格，当照准部水平方向制动螺旋制动，垂直方向转动望远镜时，水平度盘的显示读数会不断变化，这正是全站仪自动补偿改正的结果。
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