(1)控制整个在线监测系统的自动运行，这部分主要由PLC写入程序后完成;
(2)采集、存储并传输仪表分析的数据，这部分主要由现场工控机与数据采集传输模块协作完成。
辅助系统的设计主要是为了保障在线监测系统的连续稳定的运行，它需要根据现场情况的变化而作相应的调整。总体来说有以下几个方面需要注意:
(1)管路的清洗:由于管路中残留的污垢以及因此而孳生的藻类会对水样造成污染，所以需要对管路进行定时定量的清洗，清洗的方式和内容多种多样，目标都是为了保证水样的真实性和代表性。
(2)电力的保障:电力的稳定直接关系到仪表分析的准确性和连续性，因此首先尽可能选择稳定的交流电网以供接入;其次，在交流电进入自动监测系统前，需要对电流再次整流，以便应对突发性电流不稳情况的发生;如果有必要的话，可以配备后备电源以供停电时在线监测系统的正常运行。
(3)预防雷击:防雷主要分为站房防雷、电源防雷和通讯防雷，当遭遇雷击时电流首先击穿防雷器以达到保护仪表及系统设备的目的。这一点在雷雨多发的地区尤其重要，当发生雷雨后工作人员要尽快检查防雷器的状态，如损毁要及时更换。
(4)调节温湿度:适合的温度和湿度对于仪表的稳定运行也很重要，水质监测仪器，这部分功能主要由空调和除湿设备来实现。
无人船测深原理其实与机动测船工作原理类似，只是将测深仪和GNSS RTK集成到无人船上，结合无人船具备手动遥控和自主规划航线的功能可以代替机动船在水域进行测量。水下地形测量包括测点的平面位置和水深测量，平面位置数据主要采用GNSS 定位技术确定（可达到厘米级的实时定位），水深数据主要通过单波束测深仪得到（一般高精度测深仪也可以达到厘米级的测量精度），由水面高程(水位)减去水深可得测点的水底高程。通过无数个测点的平面位置和水深位置的获取，水下地形即可被测量展现出来。
当前我国水资源面临的形势十分严峻，水污染严重、水生态环境恶化、水资源短缺等问题日益突出，在过去水质采样都是依靠人工完成。划船取水，不仅工作量大若操作不当还存在安全隐患；而且目前国内水质监测人员紧缺，监测数据难以保证其准确性和实效性。
我国近期的技术主要是在水面放置浮漂，或者在湖边安装设备，通过管道抽取水样。这种技术的建设成本比较高，而且监测位置是固定的，在天气不好，或者湖比较小的情况下，遥感监测就无法进行。
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