亚细胞定位原理
利用GFP、RFP等荧光蛋白具有的荧光性质和灵敏性，来示踪细胞内的蛋白。将目标蛋白与荧光蛋白的N端或者C端融合，通过瞬转或稳转，使该融合蛋白在受体材料细胞内表达，目标蛋白会牵引荧光蛋白一起定位到目标细胞器，经过激光共聚焦显微镜激光照射，荧光蛋白会发出荧光，BIFC，通过观察荧光蛋白在细胞内显示的位置，从而可以确定目标蛋白的亚细胞定位情况，即可对蛋白质进行准确定位。
直接法
将标记的特异性荧光，直接加在抗原标本上，经一定的温度和时间的染色，用水洗去未参加反应的多余荧光，室温下干燥后封片、镜检。
间接法
如检查未知抗原，先用已知未标记的特异（）与抗原标本进行反应，用水洗去未反应的，再用标记的抗（第二）与抗原标本反应，使之形成—抗原—复合物，再用水洗去未反应的标记，干燥、封片后镜检。如果检查未知，则表明抗原标本是已知的，待检为，其它步骤的抗原检查相同。
透射电子显微镜透射电子显微镜是一种高分辨率的亚细胞定位方法，它可以通过观察细胞超微结构来确定目标蛋白质的位置。这种方法需要制备样品，但可以提供更直观的细胞结构信息。原子力显微镜原子力显微镜是一种可以在纳米水平上观察细胞表面的亚细胞结构的技术。它可以通过检测样品表面的原子相互作用来形成高分辨率的图像。这种方法不需制备样品，可在自然状态下观察细胞表面结构。
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