染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的核酸探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 DNA 序列进行杂交。
标记可以用放1射性同位素（3H、35S、32P），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，FISH）技术。
阻断内源性过氧化物酶：滴加3%1甲1醇-H2O2，室温避光孵育15min，将玻片置于PBS（PH7.4）中在脱色摇床上晃动洗涤3次，每次5min。
预杂交：滴加预杂交液，37°C孵育1h。
杂交：倾去预杂交液，滴加含探针has-circ-ST6GALNAC6 probe 杂交液，浓度6ng/ul，恒温箱37度杂交过夜。
杂交后洗涤：洗去杂交液，2×SSC，37°C 洗10min，1×SSC，37°C洗2×5min，0.5×SSC室温洗10min。若非特异杂交体较多，可以增加甲酰胺洗涤。
滴加封闭液：滴加封闭血1清（正常兔血1清），室温30min。
滴加鼠抗地1高辛标记过氧化物酶（anti-DIG-HRP）：倾去封闭液，滴加anti-DIG-HRP。37°C孵育50min，后PBS洗3次×5min。
既要充分保留被测核酸，（特别是RNA）不被降解，植物RNA原位杂交检测服务，又要尽可能维持原有组织或细胞的形态结构。
步骤：基本与免1疫组织化学技术相似，即组织要求新鲜和迅速投入固定液。固定液为4%多聚甲醛/0.1 M PBS（PH7.0-7.6），含有1/1000 DEPC。标本较大时用刀片切成厚度不超过4mm的小块，固定1小时即可，较大的标本固定不要超过2小时。某些组织对过度固定尤其敏感，如动物大脑，固定时间30-40分钟，一般不要超过1小时。取材过程中避免手指、唾液和未经RNA酶抑制处理的器具接触标本。冷冻切片以厚5~30um佳，40℃烤箱内干燥2小时后储存在-80℃超低温冰箱，在-20℃可保存２～３周，在-70℃可保存数月之久。
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