原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的核酸分子为探针，在组织细胞原位检测特异核酸分子的技术。使含有特异序列、经过标记的核酸单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补核酸单链即靶核酸发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的DNA或RNA分子。
可以检测cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
FISH技术的基本步骤包括探针制备、样品预处理、探针与样品的杂交、信号检测和图像分析等。在探针制备过程中，使用荧光标记物代替同位素标记物来标记探针。在样品预处理过程中，原位杂交检测，细胞或组织的固定、裂解和去除非特异性蛋白质等操作都是必要的，以提高探针与目标序列的亲和力和特异性。在探针与样品的杂交过程中，探针与样品中的目标序列进行互补性杂交，形成可检测的荧光信号。在信号检测和图像分析过程中，原位杂交，使用高灵敏度荧光显微镜检测荧光信号并获取高分辨率的细胞图像。
原位杂交是在分子生物学领域应用极为广泛的实验技术之一，是在研究生物体发育过程中的一种极为重要的分子遗传学的研究方法。其英文名为in situ hybridization，其中in situ为拉丁文，GISH，原义是"in its natural ition". 字面的意思理解就是说在其原来的天然的位置处杂交。原位杂交主要是基于以下这个主要原理：单链的DNA或者RNA只要他们的序列是互补的，即符合AT，CG的碱基配对原则，原位杂交公司，那么这样的两条核酸链之间（DNA-DNA，DNA-RNA，RNA-RNA）就可以形成一个稳定的杂交复合体。
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