第三方物流自主管理的保税仓储业务，是近几年新推出的保税物流业务，是依据的保税货物进出口报关和完税的新型管理模式。在这种新型管理模式下，保税仓可以设在保税区外，海关下放部分操作程序，由第三方物流企业自主管理，海关可以随时查看保税仓的库存情况，对保税仓实行监管。保税仓每月向海关申报一次货物进出口清单，并与海关系统核对保税货物的库存，一次完税，大大简化了进出关的手续，加快了通关速度。此种管理模式特别适用于对时间和库存要求比较高的维修备件的保税库存业务。
服务功能的单一，东南亚运输报价，增值服务的较少，同质化竞争现象较为严重。大部分跨境物流企业只能提供海运物流或者空运物流服务，能提供多式联运(如海空联运)和满足客户其他不同需求的跨境物流企业较少；在提供跨境物流服务时，局限于报关、订舱等传统服务，在提供运输方案优化设计、综合物流服务方面较少，因此同质化竞争现象较为严重。
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