分子病理诊断的临床应用将会进一步扩展经典病理学诊断的内涵，将传统的形态诊断外延到肿1瘤发生易感性、基因与染色体变化、基因路径与基1因治1疗、生物学行为评估、对药1物治1疗反应的评价、临床预后的预测等医1疗全过程之中。 分子病理学是与分子生物学、细胞遗传学等学科相互渗透，在蛋白质和核酸等生物大分子水平上研究疾病病因、发病机制、形态变化及功能损害等方面发生1发展规律的新的分支学科，对疾病的病因、发生1发展、发病机制及形态变化，从传统形态学概念深入至分子或基因水平，分子病理技术服务，分子病理已成为肿1瘤病理研究中重要的内容和手段。
分子病理学诊断主要应用于以下几个方面：1、对于肿l瘤易感基因的检测，对于肿l瘤高危人群的筛检具有实用价值，如检测GSTπ基因以判定个体暴露于致癌物是的致癌危险性。2、肿l瘤相关病毒的检测，如采用原位杂交方法检测标本中HPV、EBER等病毒。3、疑难肿l瘤的诊断和分类，尤其在鉴别诊断淋巴细胞增l生性疾病与淋巴细胞性肿l瘤上有着强大的特异性和可靠性。4、肿l瘤的个体化治l疗，能够根据肿l瘤发生l发展不同阶段分子水平的特点，对肿l瘤的个体化和预见性治l疗具有指导意义。5、肿l瘤的预后判断，如采用荧光原位杂交技术（FISH）检测HER-2基因在乳l腺l癌病例中的表达情况，配合术后治l疗，指导临床用药选择。
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