DNA 探针为原位杂交提供较高的灵敏度。与RNA探针相比，DNA探针与靶mRNA 分子的杂交强度较弱，因此在杂交后的洗涤中不应使用甲醛。
探针特异性至关重要。如果已知细胞中mRNA或DNA的确切核苷酸序列，则可据此设计高度的互补探针。如果超过 5% 的碱基对不互补，那么探针只能与靶序列发生轻度杂交。这意味着，探针更容易在洗涤和检测步骤中被洗去，可能无法正确检测。
怎样保证原位杂交实验操作时的温度?
建议仪器操作，人工操作的话要注意：
（1）对荧光原位杂交操作过程中可能使用的一些仪器进行温控检查，不符合要求的进行更换。
（2）尽可能地保持环境温度在20度以上。
（3）针对需要预热以达到要求温度的试剂，在使用前必须使用温度计对其进行测温。
（4）同时检测的样本不超过4块，操作一定要迅速，实验人员要注意一些小部件的温度，尤其是在冬季。
原位杂交第三天
1） 用1ml含10％热灭清的MABT溶液置换溶液，放置摇床上25分钟，荧光原位杂交，然后用1mlMABT置换，25分钟，再用1mlMABT溶液置换，一小时以上，后用1mlMABT溶液置换，25分钟。
2） 用1ml 1mM左旋米睉的Staining buffer洗三次，每次放置五分钟。
3）将胚胎转入十六孔板中，吸去staining buffer，加上300ul BM Purple AP Substrate(底物，用之前加5mM左旋米唑)，十六孔板外面包上锡箔纸以避光，避免摇动，室温下显色。
4）每隔一小时观察胚胎是否开始显色
5）将显色完全的胚胎中的底物吸出，用PBST洗两三次后加上4％多聚甲醛固定，拍照。
6）4C冰箱保存。
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