富硒食用菌在富含硒的同时，会进一步提高食用菌的品质。研究发现富硒香菇菌丝、富硒灵芝和富硒猴头菌子实体中显著提高了多糖含量；富硒香菇、富硒梭柄苞菇、富硒柱状田头菇（茶树菇）、富硒猴头菇中多酚含量显著提高；富硒梭柄松苞菇菌丝，富硒叶面肥厂家，富硒灵芝，富硒佛罗里达侧耳中可以显著提高蛋白质含量；富硒在蛹虫草中的虫草素和腺苷含量也显著增加。
与植物相比，富硒叶面肥，食用菌转化有机硒的能力强，是大米等作物转化有机硒能力的几十，甚至几百倍，食用菌同时还具有生长周期较短、栽培条件容易控制等优势。目前市场上已经完成富硒食用菌开发的种类主要集中在担子菌门（Basidiomycota）伞菌目（Agaricales），如香菇（Lentinulaedodes）、糙皮侧耳、佛罗里达侧耳（P.florida）、刺芹侧耳（P.eryngii）、双孢蘑菇（Agaricusbisporus）、金针菇（Flammulinavelutipes）等，少量关注于木耳菌目（Auriculariales）、多孔菌目（Polyporales）和红菇目（Russulales），而关于子囊菌门较少。不同食用菌转化生产的有机硒也不同。富硒香菇子、富硒猴头菇实体中硒主要以硒代蛋氨酸和硒硒代半胱氨酸有机硒形态存在。富硒金针菇、富硒蛹虫草子实体中主要以硒代胱氨酸、硒代蛋氨酸这2种形态存在。而富硒双孢蘑菇子实体中的硒则主要以硒代蛋氨酸、硒代胱氨酸、硒硒代半胱氨酸3种有机硒形态存在。
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