GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以地定位蛋白质的位置。绿色萤光蛋白（GFP）是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质，双分子荧光互补，从蓝光到紫外线都能使其激发，发出绿色荧光。通过基因工程技术，绿色萤光蛋白(GFP)基因能转进不同物种的基因组，在后代中持续表达，并且能根据启动子特异性地表达。
使用GFP必须构建融合蛋白载体，并在转染之后有效表达。这样，若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号，说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位，这样就达到了确定某物质亚细胞定位的目的。
黄金纳米棒在癌细胞中的亚细胞定位：Sana Mesiya 等人研究了黄金纳米棒在癌细胞中的亚细胞定位。结果表明，黄金纳米棒定位于癌细胞的线粒体和溶酶体中，这一发现可能有助于开发基于纳米技术的激光免疫疗法。
槟榔 Catalase 基因的亚细胞定位：梁婷等人通过同源和 RACE 技术获得槟榔全长 cDNA，并对其进行生物信息学分析及亚细胞定位。结果表明，槟榔 Catalase 基因编码的蛋白质可能定位于特定的细胞器中。
为什么不先对一个基因做预测，在预测的结果上直接做共定位？
不同的预测网站有不同的计算方法，同一个基因在不同的预测网站也可能得出不同的定位结果。另外所有的结果都应是基于实验得到的，对于不清楚可能定位在哪里的基因，一般推荐先做普通定位，根据普通定位的结果再决定做哪种细胞器的共定位。
为什么有的基因做原生质体转化时荧光蛋白不亮？
不同物种的细胞可能对基因表达有影响，当在一种材料的原生质体中观察不到荧光时，可以考虑换一种受体材料。另外，如果是分泌蛋白，在原生质体中无法观察到荧光，此时可以考虑注射叶片来观察荧光。
拍摄时为什么有明场通道？
（1）显示细胞状态，有活力的原生质体细胞应该是饱满圆润的，变形或破碎的细胞说明此时细胞不是适状态或细胞已。
（2）显示荧光确实是细胞内蛋白表达的，而不是细胞碎片及杂质产生的杂光。
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