






亚细胞定位服务:深入探索生命微观世界的工具
在生命科学领域,亚细胞定位是一种至关重要的研究手段,它能够揭示蛋白质、基因和其他细胞成分在细胞内的具体位置和作用。随着生物技术的不断进步,亚细胞定位服务已经成为一种重要的工具,帮助科学家们更好地理解生命的微观世界。
亚细胞定位的重要性
细胞是生命的基本单位,而蛋白质则是细胞中重要的组成部分之一。蛋白质在细胞内的位置和作用直接影响到细胞的正常功能和生物体的健康。因此,准确地定位蛋白质以及其他细胞成分的位置和作用,对于理解生命的微观世界具有重要意义。
蛋白质序列特征:
利用改进型伪氨基酸组成法(PseAAC)、伪位置特异性得分矩阵法(PsePSSM)和三联体编码法(CT)对蛋白质序列进行特征提取,并将这三种方法得到的特征向量进行融合,以得到一个全新的蛋白质序列特征表达模型,然后输入到堆栈式降噪自编码器(SDAE)深度网络里自动学习更有效的特征表示,选用 Softmax 回归分类器进行亚细胞的分类预测,可有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确性。
利用 PSI-BLAST 工具搜索蛋白质序列,提取位点特异性谱中的位点特异性得分矩阵作为蛋白质的一类特征,并计算 4 等分序列的氨基酸含量以及 1~7 阶二肽含量作为另外两类特征,ISH,由这三类特征一共得到蛋白质序列的 12 个特征向量。通过设计一个简单加权函数对各类特征向量加权处理,作为神经网络预测器的输入,可提高蛋白质亚细胞定位预测的精度。
为什么有的共定位图片中叶绿体通道是玫红色?
在拟南芥、、玉米、大麦、小麦等材料中,种植培养苗子时是正常接受光照的,叶片中含有大量叶绿体,而叶绿素在640nm左右的激发光下可产生红色的自发荧光。当在这些含叶绿体较多的受体材料中做共定位实验时,共定位marker一般为红色荧光(在560nm左右的激发光下),实验及共聚焦拍摄时两个波长通道的荧光互不影响,但视野下看着比较混淆,尤其叠加后二者不易分清,因此只是在颜色显示上将叶绿体自发荧光设置为玫红色,以显示和共定位marker的区别。

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