蛋白质序列特征：
利用改进型伪氨基酸组成法（PseAAC）、伪位置特异性得分矩阵法（PsePSSM）和三联体编码法（CT）对蛋白质序列进行特征提取，并将这三种方法得到的特征向量进行融合，以得到一个全新的蛋白质序列特征表达模型，然后输入到堆栈式降噪自编码器（SDAE）深度网络里自动学习更有效的特征表示，选用 Softmax 回归分类器进行亚细胞的分类预测，可有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确性。
利用 PSI-BLAST 工具搜索蛋白质序列，提取位点特异性谱中的位点特异性得分矩阵作为蛋白质的一类特征，并计算 4 等分序列的氨基酸含量以及 1～7 阶二肽含量作为另外两类特征，由这三类特征一共得到蛋白质序列的 12 个特征向量。通过设计一个简单加权函数对各类特征向量加权处理，作为神经网络预测器的输入，可提高蛋白质亚细胞定位预测的精度。
1. 叶绿体
叶绿体是植物细胞中重要的细胞器之一，它们负责进行光合作用，将光能转化为化学能。为了定位叶绿体，我们可以使用一种名为荧光素的化合物来标记它们。荧光素可以被叶绿体中的叶绿素吸收，从而发出绿色荧光。在洋葱细胞中，叶绿体通常位于细胞的边缘或周围。
2. 线粒体
线粒体是细胞中的另一个重要细胞器，它们负责产生细胞所需的能量。为了定位线粒体，我们可以使用一种名为MitoTracker的化合物来标记它们。MitoTracker可以穿过细胞膜并进入线粒体，从而发出红色荧光。在洋葱细胞中，线粒体通常位于细胞的中央或周围。
基因法转化洋葱表皮细胞：
分别用70%乙醇和灭菌蒸馏水清洗金粉（直径为1 μm），加入灭菌蒸馏水制成金粉悬浮液，取100 μL 放在含有1.0 cm2 洋葱表皮的玻璃皿中，边振荡边加入10 μL pCambia2301-GaMYB2-GFP质粒，逐步加入40 μL 0.1 mol·L-1 亚精胺和100 μL2.5 mol·L-1 CaCl2，振荡混匀。基因GDS-80轰击时氦气罐的气压为1 300 psi，取10 μL DNA 包裹好的微粒悬浮液加到基因中央，荧光定量，进行轰击，之后放置25℃避光过夜培养，使用ConfocalLaser激光共聚焦显微镜观察。
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