洁净室工程施工需结合实际情况综合考量后，再遵守相关的标准、规范，按具体详细的施工图纸制定施工计划，整个净化工程施工流程循序渐进地有效执行下去，以确保洁净车间建设质量能符合要求，达到预期的效果。
洁净室工程施工流程：放线测量→洁净室工程地面凿平处理→通风管道安装→洁净室工程围护结构安装→洁净室工程天花安装→洁净室工程PVC地板施工→仪器设备安装→通风设备及风口安装→设备调试→全系统测试
洁净工程天花板装修：采用手工单面玻镁岩棉板，具体型号为：面壁钢板厚度0.476mm；岩棉容重：100Kg/m3以上；材料宽度：1180mm，长度定制；板材整体厚度：50mm；耐火极限：60分钟以上。天花采用上表面单面玻镁，P2实验室设计，下表层岩棉，即保障了板材的承重性能，平邑实验室设计，又避免因板材收缩引起的美观问题。
洁净工程地面装修：更衣室采用部分木地板，以换衣换鞋为分界线；参观通道及入门大厅采用环氧树脂自流平地面，厚度3mm（颜色浅灰）。入门大厅部分（二次精装修设计部分，暂不含）。其余部分甲方已在地面施工中完成金刚砂地面，前期需注意地面防水层施工。
根据洁净室外的用途，微生物实验室设计，也可以选择其他的设备，例如，在循环风加新风处理系统中，使用HEPA过滤器用碳吸附或相似功能的合成过滤器处理VOC，静电过滤箱，负压实验室设计，等等。
在洁净车间市场上，风机过滤不再是新产品，正确的应用它可以为许多高水平洁净室提供的、经济的解决方案，尤其是在吊顶高度有限的建筑内。已证明降低成本和减小过滤器的压降（在洁净室寿命期内，使用低等级过滤器，长时间采用高压降方式运转，所带来的效益并不总是十分明显）。
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