信息系统之间缺乏接口标准，工商企业内部物流信息系统与第三方信息系统之间缺乏有效衔接，运输信息系统、仓储信息系统、物流作业管理信息系统之间互不沟通，由于没有公共物流信息交流平台，大件物流运输报价，以EDI互联网等为基础的物流信息系统难以得到实际应用。
在计划经济体制下，各个行业从上到下一统到底，行业之间、部门之间管理体系分割现象严重，在向市场经济转型的过程中，习惯势力仍然有一定影响。物业的发展涉及到基础设施、物流技术设备、产业政策、投资融资、税收、海关、服务、与运输标准等多个方面，而这些问题的管理分属于不同的职能部门，各职能部门对现代物流认识不足和缺乏统一协调的战略思想，福州大件物流运输，成为物业发展的主要瓶颈之一。
保税仓储货物存放期限（1）保税仓储货物储存期限为一年，大件物流运输方式，储存期限满后，有正当理由的，可向主管海关申请延期，延期长不得超过一年。（2）办理延期手续应递交单证：a．延期仓储协议；b．《保税仓储货物延期仓储申请表》。（3）经海关审核准予延期的，海关签发《保税仓储货物延期仓储审核表》。（4）对超过规定的存储期限三个月仍不复运出境，大件物流运输企业，也不办理有关进境手续的，海关依法变卖处理。
由于经济利益部门化和地区化弊端的存在，我国在物流业的管理体制和机制上的协调能力较差。物流业涉及交通运输、经贸、外经贸、城市管理、、税务、海关、商品检验检疫等多个部门，这些部门的管理职能、管理方式和制度体系等存在较大不同，在对物流业实施管理的过程中，因管理之间的体制及机制性原因，造成物流业发展的许多困难。
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