木制托盘的缺点也是有比较多的。
其问题主要存在于卫生/洁净度及生产稳定性等方面。
1、二手木托盘还有木材易受潮、发霉、虫蛀，且无法清洗。此外，其表面木屑脱落及螺钉锈蚀的问题也无法克服。
2、由于木材是天然材料，其质量受地域气候等多方面影响，即便是同一批原料，大量木托盘回收，在干湿度、风裂等方面亦难以达到统一标准。
3、木制托盘使用寿命较短，常规使用下周转次数约在200—300次。
由于时代的快速发展，现在木箱包装也随着经济的发展出入境了。出口木箱制作以免林木有害生物会随着货物使用的木箱包装在进行蔓延，在2002年3月，国际植物保护公约组织(IPPC)公开了国际植物检疫措施标准5号《国际贸易中的木箱包装材料管理准则》，要求货物进行包装使用木箱包装需要在出境前做一个除害处理，四面进叉木托盘并且加上IPPC确定的标识。标准的出口木箱包装可以为产品的出口节省时间，且可以减少很多不需要的报关流程时间。
另外，2000年美国木托盘行业统计数据表明，全美木托盘生产厂家和回收维修公司总计3031家，其中新托盘生产厂家占44%，专营托盘回收维修的公司占9%，其余的47%的公司则兼具生产和回收维修的业务，说明由于托盘回收维修已成为托盘业中的高利润部分，吸引了许多新托盘生产厂家加入托盘回收维修业务。这不仅节约了用户在托盘使用上的物流费用，而且其回收循环利用可以成为持续再生能源的经典商务模式。
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