植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1R染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。
基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的DNA序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。
原位杂交技术的实验结果
原位杂交技术的实验结果包括阳性信号和阴性信号的判断标准。阳性信号是指探针与目标核酸序列特异性结合形成的双链复合物，在显色反应、荧光染色或性同位素标记下呈现出明显的信号。阴性信号是指探针未与目标核酸序列结合，不呈现任何信号。实验结果的分析需要结合探针的特异性和敏感性、组织或细胞的原始结构以及实验条件等因素综合进行。
荧光原位杂交（Fluorescence In Situ Hybridization，FISH）是在性原位杂交技术基础上发展起来的一种非性分子生物学和细胞遗传学结合的新技术，动物组织原位杂交，是以荧光标记取代同位素标记而形成的一种新的原位杂交方法。
FISH技术具有许多优点，如非性、高特异性、高灵敏度、快速简便、可多重染色等。这些特点使得FISH技术在细胞生物学和临床医学领域得到了广泛应用，例如用于研究基因表达、基因组变异和染色体异常等。
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